Cesta samuraje bez pána vedoucí k osvícení je plná nebezpečí, některých zcela zjevných, některých sotva zachytitelných koutkem oka. Během svých cest po Japonsku šestnáctého století se Miyamoto Usagi zaplétá do série událostí propojených temnými, smrtícími tajemstvími. Potkává mladého samuraje, který kráčí ve stopách svého hrdinského otce, dostane se do vesnice, kterou sužuje nadpřirozený zabiják provázený chytlavou melodií, převypráví dětem klasický příběh z japonského folklóru, zúčastní se spolu s inspektorem Ishidou vyšetřování záhadných vražd ve dvou detektivních případech a zaplete se do zlověstného spiknutí majícího za cíl ovlivnit následnictví na trůn místního lorda. Šedé stíny jsou směsí vzpomínek, záhad a zrady.