Přímé pokračování prvního startrekového filmu z roku 1979. Krátce po neuvěřitelném střetnutím s obří umělou inteligencí VGer jsou kapitán a posádka U.S.S. Enterprise pronásledováni vzpomínkami na oběť, již splynutím se záhadným mimozemským objektem přinesl jejich přítel a kolega Willard Decker. Zatímco se James T. Kirk, Spock a Leonard McCoy snaží s nedávnými událostmi vnitřně vyrovnat, znovu se otevírá jiná kapitola jejich společné minulosti, která vyvolává podobně závažné filozofické otázky o víře, člověku a umělé inteligenci. Nedávno osídlený svět Daran IV, který se stal domovem bývalých fabrinských uprchlíků ze světolodi Yonada, rozdělují protichůdné ideologie ti, kteří lpí na teokratické minulosti, jsou nuceni čelit vizionářům hledícím vstříc budoucnosti založené na čistě racionálním uvažování. Důstojníci Enterprise, kteří před lety svrhli Orákulum, boha ve stroji ovládajícího Yonadu, jsou po osudovém setkání s VGerem konfrontováni s důsledky svých minulých činů a musejí čelit rozhodnutím, jež ovlivní osud celé civilizace a je samotné možná změní navždy.