V aktualizovanom vydaní Prírodného atlasu Slovenska je územie Slovenska rozdelené na jednotlivé mapové listy, na ktorých sú zakreslené najzaujímavejšie prírodné lokality a chránené územia od rozľahlých národných parkov po najmenšie prírodné rezervácie či prírodné pamiatky. Najvýznamnejšie prírodné lokality sú znázornené čiernou farbou, žltá podkladová farba ešte väčšmi zvýrazňuje ich zaujímavosť. V úvode nechýba stručná charakteristika osobitostí a pozoruhodností slovenskej prírody rozčlenená do piatich základných kapitol. Slovné i obrazové charakteristiky sa začínajú zaujímavosťami povrchu a končia sa zaujímavosťami ochrany prírody. Okrem prírodných lokalít zapísaných do Zoznamu svetového prírodného a kultúrneho dedičstva UNESCO sme do atlasu zaradili aj prírodné zaujímavosti, ktoré z pohľadu autorského tímu najvýraznejšie charakterizujú rozmanitosť slovenskej prírody, a ich lokálny, regionálny alebo národný význam z hľadiska formovania a vzhľadu prírodnej krajiny. V závere je podrobný register a legenda ku kartografickým značkám.